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Andrea Clemente-Ureña - Portfolio

👩‍🔬 Andrea Clemente-Ureña 👩‍🔬 Andrea Clemente-Ureña

Aquí comparto mi trayectoria en biología, bioinformática, robótica y visión computacional 3D. Here I share my journey in biology, bioinformatics, robotics and 3D computer vision.

Investigadora predoctoral en UPM y CRF-INIA-CSIC | Proyecto: Transformación digital de la conservación y mejora vegetal Predoctoral Researcher at UPM and CRF-INIA-CSIC | Project: Digital Transformation of Plant Conservation and Improvement

¡Bienvenid@ a mi portfolio! Welcome to my portfolio!

Bienvenida

Este espacio reúne mi trayectoria en biología, bioinformática, robótica y visión computacional 3D. Actualmente desarrollo herramientas avanzadas para el fenotipado de cultivos y la caracterización de estructuras vegetales, aplicando aprendizaje automático y análisis de datos.

Para ver mis proyectos, ¡clicka en las imágenes!

📍 Investigadora predoctoral en la Universidad Politécnica de Madrid (UPM) y el Centro de Recursos Fitogenéticos (CRF-INIA-CSIC), dentro del proyecto Transformación digital de las actividades de conservación y mejora vegetal.

This space brings together my journey in biology, bioinformatics, robotics, and 3D computer vision. I currently develop advanced tools for crop phenotyping and plant structure characterization using machine learning and data analysis.

To see my projects, click on the images!

📍 Predoctoral researcher at the Polytechnic University of Madrid (UPM) and the Plant Genetic Resources Center (CRF-INIA-CSIC), within the project Digital Transformation of Plant Conservation and Breeding.

🧠 Leer sobre mi autorreflexión 🧠 Read about my self-reflection

Mi primer contacto con la investigación My initial experience with research Proyectos destacados Featured Projects Formación académica Academic Education Tecnologías y herramientas Technologies & Tools Experiencia Profesional Professional Experience Idiomas Languages Contacto Contact

💡 Mi primer contacto con la investigación 💡 My first encounter with research

Mi primer contacto con la investigación fue en 1º de Bachillerato, cuando desarrollé un proyecto sobre la síntesis de bioplásticos a partir de la leche de vaca en las asignaturas de Biología y Técnicas Experimentales en Ciencias. Ese mismo año participé en el Finde Científico, formando parte de un equipo que realizaba experimentos de química visual para la divulgación científica. My initial experience with research was in the first year of upper secondary school when I developed a project on the synthesis of bioplastics from cow's milk in Biology and Experimental Techniques classes. That same year, I participated in the Science Weekend (Finde Científico), as part of a team performing visual chemistry experiments for science outreach.

Ejemplo de imagen de síntesis de bioplásticos Example image for bioplastics Synthesis
Síntesis de bioplásticos
Ejemplo de lo que hice en el Finde Científico Example of what I did at the Science Weekend
Finde Científico

🚀 Proyectos destacados 🚀 Featured Projects

Fenotipado de alto rendimiento High-throughput phenotyping
Fenotipado de cultivos

Mi tesis doctoral en proceso: Fenotipado automatizado de cultivos con robótica y visión computacional. Diseño experimental y análisis de datos fenotípicos. My doctoral thesis in progress: Automated crop phenotyping with robotics and computer vision. Experimental design and phenotypic data analysis.

Bioinformática y análisis ómico Bioinformatics and omic analysis
Bioinformática

He desarrollado una sólida formación en bioinformática y análisis de datos ómicos, combinando herramientas computacionales y métodos estadísticos avanzados. Mi experiencia incluye programación en R y Python, machine learning aplicado a datos biomédicos, análisis multivariante y modelado estadístico.

He trabajado con datos de transcriptómica, genómica y otras fuentes de alto rendimiento, aplicando modelos predictivos e inferencia estadística para extraer información relevante. Además, manejo software especializado para el análisis de datos biomédicos y técnicas de integración de datos ómicos.

TFM: Identificación y caracterización de tRFs sobreexpresados en enfermedad de Huntington. DOI: 10.13140/RG.2.2.33680.32001

I have developed strong expertise in bioinformatics and omics data analysis, combining computational tools with advanced statistical methods. My experience includes programming in R and Python, machine learning applied to biomedical data, multivariate analysis, and statistical modeling.

I have worked with transcriptomics, genomics, and other high-throughput data, applying predictive models and statistical inference to extract meaningful insights. Additionally, I am proficient in specialized software for biomedical data analysis and omics data integration techniques. Master's Thesis: Identification and characterization of overexpressed tRFs in Huntington's disease. DOI: 10.13140/RG.2.2.33680.32001

Genética molecular y citología Molecular genetics and cytology
Genética molecular

He adquirido una sólida base en genética molecular y citología, con conocimientos en estructura y función de los genomas, biología celular, embriología y técnicas avanzadas de laboratorio. Además, tengo experiencia en la caracterización estructural de genes, análisis genético en protistas y aplicación de métodos de laboratorio en anatomía patológica y citología.

TFG: Caracterización estructural de genes codificantes de proteínas ribosómicas en Leishmania. DOI: 10.13140/RG.2.2.10192.21767.

Participación mencionada en el Informe Científico del CBMSO-CSIC 2021–2022 .

I have developed a strong foundation in molecular genetics and cytology, with expertise in genome structure and function, cell biology, embryology, and advanced laboratory techniques. Additionally, I have experience in gene structural characterization, genetic analysis in protists, and laboratory methods in pathological anatomy and cytology.

Bachelor's Thesis: Structural characterization of genes coding for ribosomal proteins in Leishmania. DOI: 10.13140/RG.2.2.10192.21767.

Participation mentioned in the CBMSO-CSIC Scientific Report 2021–2022 .

Histología e inmunohistoquímica Histology and immunohistochemistry
Histología

Detección Inmunohistoquímica de BRCA en Cáncer de Mama

En este proyecto, realicé la detección inmunohistoquímica de los genes BRCA1 y BRCA2 en muestras de tejido mamario con sospecha de cáncer. Utilicé anticuerpos específicos para BRCA y otros marcadores como HER2, Ki-67, ER y PR. Tras aplicar los anticuerpos, se visualizó la expresión de BRCA en las células mediante un marcador cromogénico (DAB), que generó manchas marrones en las células positivas.

Este proyecto me permitió desarrollar habilidades en técnicas de inmunohistoquímica, microscopía y la interpretación de marcadores tumorales en la investigación del cáncer de mama. Immunohistochemical Detection of BRCA in Breast Cancer

In this project, I performed the immunohistochemical detection of BRCA1 and BRCA2 genes in breast tissue samples with suspected cancer. I used specific antibodies for BRCA, as well as other markers such as HER2, Ki-67, ER, and PR. After applying the antibodies, the expression of BRCA in the cells was visualized through a chromogenic marker (DAB), which produced brown spots in the positive cells.

This project allowed me to develop skills in immunohistochemical techniques, microscopy, and tumor marker interpretation in breast cancer research.

Tecnologías inmersivas Immersive technologies
Tecnologías inmersivas

Colaboración con el Centro de Automática y Robótica (CAR-CSIC-UPM) para desarrollar soluciones con Microsoft HoloLens2 en aplicaciones agrícolas. (Proyecto en fase inicial) Collaboration with the Center for Automation and Robotics (CAR-CSIC-UPM) to develop solutions with Microsoft HoloLens2 in agricultural applications. (Initial project)

🎓 Formación académica 🎓 Academic Education

🛠️ Tecnologías y herramientas 🛠️ Technologies and Tools

LenguajesLanguages Python • R • SQL • BASH • HTML/CSS
Ciencia & BioinfoScience & Bioinformatics Bioconductor • SPSS • Galaxy • Novopath • Inferencia estadística
IA / VisiónAI / Vision OpenCV • PyTorch • TensorFlow • Scikit-learn • Visión 3D
RobóticaRobotics Sensores RGB • Sensores Multiespectrales • Sensores LiDAR/ToF • HoloLens 2
EntornosEnvironments Linux • VS Code • Git • Office

📚 Experiencia profesional 📚 Professional Experience

🌐 Idiomas 🌐 Languages

🧠 Autorreflexión sobre mi proceso de aprendizaje 🧠 Self-reflection on my learning process

A lo largo de mi carrera académica y profesional, he tenido la oportunidad de integrar mis conocimientos en biología, bioinformática, robótica y visión computacional 3D. Esta combinación interdisciplinaria ha sido clave para mi desarrollo, tanto como investigadora predoctoral en la UPM y CRF-INIA-CSIC como en mis estudios anteriores en el grado de Biología y el máster en Bioinformática. Throughout my academic and professional career, I have had the opportunity to integrate my knowledge in biology, bioinformatics, robotics, and 3D computer vision. This interdisciplinary combination has been key to my development, both as a predoctoral researcher at UPM and CRF-INIA-CSIC and in my previous studies in Biology and the master's degree in Bioinformatics.

Mi primer contacto con la investigación fue en 1º de Bachillerato, cuando desarrollé un proyecto sobre la síntesis de bioplásticos a partir de la leche de vaca. Ese primer acercamiento a la ciencia me motivó a seguir explorando más en profundidad, y me permitió darme cuenta de lo fascinante que es la capacidad de hacer avanzar el conocimiento a través de la investigación. Desde entonces, cada paso en mi trayectoria ha sido una oportunidad de aprender y mejorar. My first contact with research was in the first year of high school when I developed a project on the synthesis of bioplastics from cow's milk. This first approach to science motivated me to continue exploring more deeply and made me realize how fascinating it is to advance knowledge through research. Since then, every step in my journey has been an opportunity to learn and improve.

A medida que he ido avanzando en mis estudios y proyectos, he aprendido a integrar herramientas y enfoques de diferentes disciplinas. En mis investigaciones actuales, por ejemplo, he logrado combinar mis conocimientos en biología con las técnicas de visión computacional y robótica para resolver problemas complejos, como el fenotipado automatizado de cultivos. La programación en Python y R, así como el uso de técnicas de machine learning, han sido fundamentales para poder procesar y analizar grandes volúmenes de datos. As I have progressed in my studies and projects, I have learned to integrate tools and approaches from different disciplines. In my current research, for example, I have been able to combine my knowledge of biology with computer vision and robotics techniques to solve complex problems, such as the automated phenotyping of crops. Programming in Python and R, as well as using machine learning techniques, have been essential for processing and analyzing large datasets.

Una de las cosas que he aprendido sobre mí misma es que soy capaz de abordar proyectos complejos y multidisciplinarios, pero también he identificado áreas en las que necesito mejorar. Por ejemplo, la gestión del tiempo sigue siendo un reto, sobre todo cuando estoy involucrada en varios proyectos a la vez. A veces es difícil equilibrar todas las tareas que tengo, y eso me ha llevado a buscar maneras de organizarme mejor y priorizar de manera más eficaz. También, aunque me siento cómoda usando herramientas estadísticas avanzadas, me gustaría mejorar mi capacidad para comunicar mis resultados de manera clara y comprensible, tanto para compañeros de mi campo como para aquellos ajenos a la ciencia. One thing I have learned about myself is that I am capable of tackling complex and multidisciplinary projects, but I have also identified areas where I need to improve. For example, time management remains a challenge, especially when I am involved in several projects at once. It is sometimes difficult to balance all the tasks I have, and this has led me to look for better ways to organize myself and prioritize more effectively. Also, although I feel comfortable using advanced statistical tools, I would like to improve my ability to communicate my results clearly and understandably, both to peers in my field and to those outside of science.

Mirando hacia el futuro, mi objetivo es seguir desarrollando mis habilidades en áreas como la inteligencia artificial y la robótica, especialmente aplicadas a la biología y la agricultura. Además, quiero seguir reflexionando sobre mi proceso de aprendizaje para poder mejorar continuamente, ajustando mis métodos de trabajo y mis estrategias de estudio. Looking ahead, my goal is to continue developing my skills in areas such as artificial intelligence and robotics, especially applied to biology and agriculture. In addition, I want to continue reflecting on my learning process to keep improving, adjusting my work methods and study strategies.

En resumen, este ejercicio de autorreflexión me ha permitido darme cuenta de cuánto he avanzado y de lo que todavía puedo mejorar. Creo que es fundamental seguir reflexionando sobre el aprendizaje para poder adaptarse a los desafíos que vienen, y estoy muy motivada para seguir creciendo profesional y personalmente. In summary, this self-reflection exercise has allowed me to realize how much I have progressed and what I still need to improve. I believe it is essential to keep reflecting on learning in order to adapt to the challenges ahead, and I am very motivated to keep growing both professionally and personally.

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